朱允炆还不忘让老百姓感念自己的恩德，其祖父朱元璋在位时，曾在江南等富庶地区实行了高赋税。建文帝上台后将赋税进行调整，大幅减低了江南地区的重税，以及在方孝孺的建议下实行土地改革。从这里，我们可以看到朱元璋的良苦用心。他所做的一切，都是在给皇太孙铺路。他故意留下一个充满弊病的天下，让继任者能从容地施行“仁政”，收买人心。
正因如此，在朱允炆登基后，从朝臣到百姓才会清一色地念他的好。直到六百年后的今天，仍有史学家在夸奖朱允炆所施行的“仁政”。以现代人的眼光来看，朱允炆所施行的一系列政策都对后世造成了良好的影响，尤其是“文臣治国”的理念和“内阁当政”的制度。然而，朱允炆的种种善举，有些人并不买账，例如：他的皇叔们。因为朱允炆的一系列政策中，有一条叫“削藩”。
所谓削藩，削的是什么?藩王的封地、兵力。
藩王均为朱氏宗室，兵力是他们在皇权斗争中得以自保的资本，削弱兵力无疑比要了他们的命还难受。而封地又是藩王能够在地方当“土皇帝”的根本，若无封地何来税收?何来挥霍之资?出生在帝王之家的朱允炆不会不明白这个道理，但是，削藩却是不得已而为之的。
为何?
试想一下，一个年纪轻轻的小皇帝，生活在一群皇叔的“重兵拱卫”下，这种感觉想必不大好受。偏偏这时黄子澄给朱允炆出了个馊主意：“当年汉景帝上位时，诸王也不愿意削藩，甚至引发了七王之乱，结果，还不是被汉景帝轻松平定了?”
这句话就像是给朱允炆塞了一颗定心丸一样，他不由得想起当年自己与祖父的一番对话。朱元璋问：“你将来该如何与你的皇叔相处呢?”朱允炆答：“先以德服人，再用礼仪规范，实在不行就让皇叔换封地，若还不行就只能削藩了，大不了兵戎相向。”这番回答深得朱元璋嘉许，想到此处，朱允炆更加坚定了削藩的决心。
平心而论，朱允炆所施行的削藩策略起初还是比较成功的。
在祖父驾崩后他推迟发布遗诏，然后节制各大藩王，借助这一“特殊时期”掌握了藩王们的军政大权。随后，在黄子澄的帮助下，朱允炆对周王与代王动了手，将他们依次逮捕发配边疆。周王与代王平日里与燕王走得很近，此举无疑折断了朱棣的左膀右臂。这下，新皇帝的目的已经非常明确了。看清了风向的文武百官立马见风使舵，合力上书支持削藩。
为了“顺应”百官及天下苍生的意愿，朱允炆终于开始对诸皇叔展开清算。随着一系列的阴谋倒算，湘王于大火中自焚，齐王被贬为庶人，珉王被软禁在京城里。从朱允炆的一举一动中我们能看出这位年轻皇帝手段十分毒辣，丝毫不逊于其祖父。听闻这些消息后，朱棣十分慌乱，他立即开始扩充兵力，做好与侄子决一死战的准备。为了避免后院起火的状况，朱棣还特地派使者去了一趟鞑靼，与“邻居”交好。
这一时期的叔侄二人，进行了一番旗鼓相当的较量。朱允炆十分精明，懂得“知己知彼百战不殆”的道理，他费了一番精力买通了燕王府的葛诚，在敌人的心脏处安插了一枚棋子。随后，朱允炆又打着防备蒙古人的旗号，向北方派遣了一名大将张芮，强行接管了燕地的兵权。从表面上看，此时的朱棣已落入万劫不复的境地，只要朱允炆想，一声令下即可将其打入十八层地狱。
当建文元年三月朱棣来到京城觐见皇帝时，已开始有大臣劝说朱允炆将其扣押起来。然而，朱允炆太过轻敌，他没能痛下杀手，只是又向北平派出了三万精锐。同年五月，朱棣将自己的两个儿子朱高炽、朱高煦派到南京，又有大臣想软禁这两名世子作为人质，谁知朱允炆竟再次心软。
朱允炆两次心软的后果是什么呢?
那就是错失了击杀朱棣的最后机会，第二天，葛诚、张芮便被人杀死在家中，朱允炆失去了朱棣身边的眼线，再也没有监视皇叔的耳目。
然而，建文帝的败笔还不止此。
为了让天下百姓觉得自己的身份并非反贼，朱棣拿出了所有反王都会用到的“清君侧”这一旗号。这场叛乱总共持续了三年有余，最终，以朱棣攻入南京城告终。
战争爆发之初，朱棣的燕军就展现了出人意料的战斗力，朱允炆安排在北方的宋忠根本不是其对手，三万人被瞬间击退。一连几道奏章送入朝廷，上面写着云中、开平、怀来、永平被攻陷的消息。朱允炆做梦都没想到，这些他早年部署好的“防区”，竟在顷刻之间被敌军攻陷。
值此之际，朱允炆虽如五雷轰顶，但他还是做出了应对之策，拿出了祖父留给自己的杀招——耿炳文。耿炳文是陪着朱元璋打天下的元老级大将，他所率的淮西旧将皆是大明的开国精锐。在靖难之战爆发时，这员老将已有六十五岁高龄，可谓经验极其老到。
如果说，若当时有一人能与久经沙场的朱棣抗衡，非耿炳文莫属。此将极有可能改写大明的命运，匡扶朱允炆的正统朝，因为他十分擅长打防御战。朱元璋打天下时，耿炳文屡次被赋予坐镇江苏的任务，十年之内数次以少胜多，替朱元璋守住了张士诚的进攻，确保了后方的安全。
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